L'Indonésie s'étend sur 1.904.340 km², soit 5.000 km d'ouest en est et 2.000 km du nord au sud.
L'archipel compte quelque 17.000 îles et îlots. Les grandes îles occupent le flanc occidental : Sumatra, Kalimantan (Bornéo), Java, Sulawesi. Elles entourent la plate-forme continentale de la Sonde, la plus étendue au monde ; sa profondeur, de 55 m en moyenne, ne dépasse pas 75 m. Sumatra, Kalimantan et Java étaient, au quaternaire, encore rattachées à l'Indochine. De la même façon, à l'extrême est de l'archipel, la plate-forme d'Arafura s'étend de la Nouvelle-Guinée à l'Australie. Ces deux ensembles d'eaux peu profondes sont séparés par les grandes profondeurs océaniques, responsables du morcellement des terres : mer des Célèbes, mer de Banda. De profonds sillons, au sud de Sumatra et de Java (-7.450 m), correspondent à des zones de subduction. Facteur naturel d'unité, la mer de Java est un véritable lac, aujourd?hui encore sillonné par les robustes voiliers en bois construits à Banjarmasin.
Une région sensible Le point culminant de l'Indonésie se trouve en Irian Jaya (Puncak Jaya 5.030 m). L'archipel est montagneux : à Sumatra, le Kerinci s'élève à 3.800 m ; à Java, le Semeru à 3.676 m. La grande plaine orientale de Sumatra, la plaine méridionale de Kalimantan et les plaines septentrionales de Java font exception. Les derniers plissements, qui remontent au crétacé, ont affecté des terrains primaires et secondaires avant d'être accompagnés de montées granitiques. Deux arcs, ou guirlandes, s'enroulent presque complètement autour du «socle de la Sonde» : l'arc interne, de Sumatra à Flores et Banda ; l'arc externe, de Nias et Mentawai jusqu'à Sumba, Timor, Céram et Buru. Ce dernier présente, dans un matériel tertiaire, une structure plissée (oligocène), avec parfois des charriages compliqués de fractures récentes. Mal consolidé, l'arc externe est le théâtre de nombreux séismes. La ville d'Amboine, capitale des épices, fut détruite par un tremblement de terre en 1764. Les derniers grands séismes ont eu lieu au large de Sumba (1977) et de Flores (1992).
Les volcans L'arc interne forme la plus grande zone volcanique du monde : 128 centres d'activité volcanique, dont 80 se sont manifestés ce dernier quart de siècle. Depuis 1918, une éruption violente survient en moyenne tous les trois ans. Parmi les principales catastrophes, l'éruption du Krakatoa (1883), situé dans le détroit de la Sonde entre Sumatra et Java, fit 36 000 victimes à la suite du raz de marée qu'elle provoqua ; à Bali, celle du Gunung Agung (1963) plongea la ville de Surabaya (Java) dans l'obscurité pendant vingt-quatre heures. Les éruptions actuelles sont de type explosif, avec des nuées ardentes, des avalanches et des laves incandescentes. Les lahars, coulées de boue dévastatrices, sont froids lorsque les pluies accompagnent l'éruption et chauds lorsque la «vidange» du lac de cratère survient rapidement. Sumatra compte une centaine de volcans, dont le plus grand appareil du monde, le Toba : gigantesque dôme de 100 km sur 300, ce volcan est creusé en son milieu par un fossé qu'occupe partiellement le lac du même nom. Java compte 125 volcans, dont 25 sont actifs. Les formes volcaniques les plus impressionnantes sont les caldeiras, amphithéâtres pouvant dépasser 10 km de diamètre. Ces volcans reposent souvent sur des argiles et des marnes, roches sur lesquelles ils ont pu «glisser», comme le Merapi au Xe siècle ; le déplacement de ce dernier aurait provoqué la ruine du premier royaume, hindouiste et bouddhiste, de Mataram (centre de Java).