Les tribus mongoles des Kirghiz, originaires du bassin du Ienisseï, arrivèrent dans le Tian Shan au Xe siècle. Les Kirghiz sont conquis par les Mongols au XIIIe siècle. Le khanat Kazakh-Kirghiz est soumis par les Djoungars (XVIIe-XVIIIe s.) et ensuite, sous la pression de la dynastie Qing, est intégré dans le khanat de Kokand (début du XIXe s.). En 1876, le khanat de Kokand est annexé par la Russie, et le Kirghizistan, sous le nom de région du Fergana, est inclus dans le gouvernement général du Turkestan. Après la répression sanglante de la révolte antirusse de 1916, le Kirghizistan forme entre 1918 et 1924 une partie de la RSS Turkestan, intégrée à la RSFS de Russie. En 1924, le pays devient la région autonome de Kara-Kirghizie; deux ans plus tard, il reçoit le statut de République autonome (1926), puis devient l'une des onze Républiques constitutives de l'URSS (1936).
Les transformations politiques de l'URSS permettent aux réformateurs du parti communiste de Kirghizie et au Mouvement démocratique d'imposer des élections libres (1990), le nouveau nom du pays (République de Kirghizie), de la capitale (Frounze devient Bichkek) et l'indépendance. En décembre 1991, la Kirghizie signe l'acte constitutif de la CEI. Le partage des terres et d'autres discriminations économiques ont conduit (1990, 1991) à des affrontements violents entre Ouzbeks (qui forment la majorité des paysans), Tadjiks et Kirghiz. Même si plus de 80 % du commerce extérieur du pays est effectué avec la CEI, le Kirghizistan cherche des nouveaux partenaires (Europe de l'Ouest, Turquie, Chine).
Depuis 1991, Askar Akaevitch Akaïev, ancien président de l'Académie des sciences de Kirghizie, est président de la République. Il a été confirmé dans ses fonctions par référendum le 30 janvier 1994, et réélu le 24 décembre 1995. En décembre 1998, constatant les faiblesses du gouvernement en place, il décide de procéder à son limogeage, et charge le vice-Premier ministre, Boris Silaïev, de diriger le gouvernement par intérim. À l'issue des élections législatives organisées en 1999, Amangheldi Mouraliev est nommé à la direction du nouveau gouvernement. Le pouvoir instauré dans le pays, perçu jusque-là comme le plus démocratique de tous les pays de l'Asie centrale, a connu une évolution de type autoritaire depuis la réélection du président Akaïev, qui a été une nouvelle fois reconduit dans ses fonctions lors de l'élection présidentielle d'octobre 2000, dont le scrutin a été entaché de fraudes et dénoncé par l'OSCE (Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe).