C'est sur l'actuel territoire pakistanais que se sont épanouies, il y a 4000 ou 5000 ans, les premières civilisations, celles de l'Indus. Des peuples dravidiens occupent le nord du sous-continent indien et s'installent près des fleuves, où, grâce à leur maîtrise de l'irrigation, ils pratiquent la céréaliculture. C'est alors que se développe une civilisation urbaine dont subsistent, notamment, les vestiges de Mohenjo-Daro et de Harappa. Un urbanisme évolué – où abondent entrepôts, silos, réservoirs et jarres – sert de support à l'apparition d'une caste de marchands qui va tisser des liens avec les Sumériens de Mésopotamie. L'écriture, connue par de courtes inscriptions sur des sceaux, reste énigmatique. Le déclin de ces civilisations se situe vers 1800 av. J-C
Les vagues d'envahisseurs
Vers la moitié du IIe millénaire av. J-C déferlent les premiers envahisseurs venus d'Asie centrale. Ces peuples indo-européens, ou aryens, lorsqu'ils ne guerroient pas, sont des pasteurs itinérants. Ils apportent la métallurgie du fer, l'usage du cheval et une organisation sociale fondée sur le système des castes. Après avoir repoussé les populations dravidiennes, qui fuient vers le sud de la péninsule indienne, ils se sédentarisent puis subissent les assauts de nouvelles invasions venues du nord-ouest. Les grands centres urbains périclitent avec eux.
Dominations et empires se succèdent ensuite au fil des siècles. Les régions de plaine de l'Indus sont intégrées à l'Empire achéménide et versent tribut au Roi des rois. Alexandre le Grand lance une expédition jusqu'au Pendjab et redescend le cours de l'Indus en 326 av. J-C L'actuel Pakistan est ensuite divisé entre l'empire des Mauryas et les royaumes gréco-bactriens. Açoka (IIIe siècle av. J-C) y propage la foi bouddhique; à partir du Gandhara, celle-ci rayonne vers l'Asie centrale et l'Extrême-Orient.
Soumise à différentes invasions – dont celles des Guptas et des Huns –, la région tombe dans l'anarchie et se scinde, à partir du Ve siècle apr. J-C, en petits royaumes.
La diffusion de l'islam et l'Empire moghol
Les Arabes, qui pénètrent dans le Sind vers 712, diffusent l'islam. Cette région est pour un temps englobée dans le califat de Bagdad. Dans le Pendjab, islamisé à son tour, se succèdent pendant plus de trois cent cinquante ans dynasties turques et afghanes. En 1526, l'émir Baber, venu du Fergana, franchit les passes qui séparent l'Afghanistan du Pakistan et étend son pouvoir au-delà d'Agra. C'est le début de l'Empire moghol. Pères et fils se succèdent sur quatre générations en l'espace de cent cinquante ans, ce qui permet une remarquable stabilité de l'administration et un épanouissement parfois somptueux de la vie sociale, artistique et culturelle. C'est à propos des quatre empereurs Akbar, Djahangir, Chah Djahan et Aurangzeb, que l'on utilise l'expression «Grands Moghols». Les empereurs sont des protecteurs des lettres et des arts. Les villes s'épanouissent avec leurs mosquées, leurs palais, leurs murs d'enceinte et leurs jardins. Lahore devient l'une des capitales des Grands Moghols, au même titre que Delhi ou Agra. L'épanouissement culturel de l'Empire moghol culmine sous la règne d'Akbar (1556-1605). Au XVIIIe siècle, l'Empire est en déclin et se fragmente sous la pression des États voisins.
La domination britannique
Les terres de l'Indus tombent sous la domination britannique au cours de la première moitié du XIXe siècle. Après une première guerre anglo-afghane, le Sind passe sous le contrôle de la Couronne britannique en 1843 et le Pendjab est occupé par la Compagnie anglaise des Indes six ans plus tard. La révolte des cipayes (1857-1858), durement réprimée, est le dernier sursaut nationaliste des princes musulmans: le Pakistan est englobé dans l'empire des Indes.
Les musulmans sont écartés des responsabilités politiques et administratives, plus volontiers confiées aux hindous, et très peu sont enrôlés dans l'armée.
L'affirmation du sentiment national
Les milieux musulmans sont convaincus de l'affaiblissement des Britanniques. La Ligue musulmane, fondée en 1906, s'engage dans la lutte contre l'hégémonie des hindous et revendique l'indépendance. En 1930, sous l'influence du poète sir Mohammad Iqbal, les musulmans élaborent les fondements d'un futur État pakistanais (le «Pays des purs»), qui aurait pour vocation de rassembler toutes les provinces de l'Inde à majorité musulmane. Muhammad Ali Jinnah réorganise la Ligue musulmane et la transforme en un parti de masse. En 1940 est adoptée à Lahore une résolution exigeant la création d'un État pakistanais indépendant. Le clivage entre les deux communautés est de plus en plus marqué. À la veille de l'indépendance, les hindous ne veulent pas de division. De leur côté, les Britanniques cherchent à préserver l'unité de leur empire.
La création du Pakistan L'année 1946 voit se multiplier les heurts sanglants entre les deux communautés. Le vice-roi, lord Mountbatten, est contraint d'accepter la partition. La proclamation de l'indépendance (14 août 1947) s'accompagne de massifs et meurtriers transferts de population: 8 millions d'hindous et de sikhs sont transférés du Pendjab vers le territoire indien; plus de 6 millions de musulmans de l'Inde se réfugient au Pakistan. Le nouvel Etat couvre 23 % du sous-continent indien et abrite les trois cinquièmes des musulmans de l'Asie du Sud. Il présente la caractéristique d'être constitué de deux entités territoriales distantes de 1.700 km. Le Pakistan oriental comprend le Bengale oriental, le Pakistan occidental rassemble le Sind, le Pendjab occidental, le Baloutchistan, les provinces frontalières du Nord-Ouest et un certain nombre de petits États qui ont choisi de se rallier à la nouvelle nation islamique.
L'antagonisme indo-pakistanais Le nouvel État est en proie à de très grandes difficultés: il faut réinstaller les réfugiés, créer une administration, mettre sur pied une armée, fonder une industrie, partager avec l'Inde les eaux du Pendjab et surtout assurer le fonctionnement d'une entité géographique éclatée. La question du Cachemire, en outre, est une source permanente de très graves tensions avec l'Inde.
Sur le plan interne se succèdent les coups d'Etat qui portent au pouvoir des équipes successives de militaires. Le mécontentement est surtout prononcé au Pakistan oriental, où la population bengali musulmane, organisée au sein de la ligue Awami, se sent plus proche de l'Inde (pays où elle est enclavée) que d'un Pakistan occidental dominateur bien que plus lointain. Les troubles se succèdent et la guerre civile éclate en 1971: l'armée pakistanaise intervient au Bengale. Un conflit ouvert l'oppose à l'armée indienne, qui soutient le Bengale. Défait, le Pakistan est contraint d'accepter un cessez-le-feu le 16 décembre. Le Pakistan oriental, indépendant, devient le Bangladesh. Le Pakistan, qui s'est retiré du Commonwealth en 1972, reconnaît le nouvel Etat en 1974.
D'Ali à Benazir Bhutto, puis Nawaz Sharif Le Pakistan est une république islamique où la vie politique, très heurtée, est marquée par le poids des militaires. Après la scission du Bangladesh, Ali Bhutto, qui doit affermir la cohésion nationale de la nouvelle entité pakistanaise, fait adopter en 1973 une Constitution établissant un régime présidentiel. Mais, alors que la vie politique reste très mouvementée, le général Zia ul-Haq organise un coup d'Etat en juillet 1977, prend le pouvoir et instaure la loi martiale. Le pouvoir présidentiel est renforcé, tandis que l'armée s'implique très fortement dans la sphère politique. Un système technocratico-militaire domine le pays avec l'aval des propriétaires de grands domaines semi-féodaux. Les opposants sont emprisonnés. La pendaison d'Ali Bhutto en 1979 soulève une réprobation internationale; la presse est étroitement surveillée. Le général Zia ul-Haq favorise une pratique rigoriste de l'islam. Après sa disparition dans un accident d'avion (1988), il est remplacé par Ghulam Ishaq Khan, alors président du Sénat. Celui-ci appelle au poste de Premier ministre Benazir Bhutto, fille d'Ali Bhutto, après la victoire du PPP (Pakistan?s People Party) aux élections de 1988. En 1990, la première femme à diriger un pays musulman est destituée et remplacée par Mian Nawaz Sharif, qui s'oppose très rapidement au président de la République. Les élections législatives organisées en octobre 1993 ramènent Benazir Bhutto au pouvoir. Mais, après avoir été démise de ses fonctions en novembre 1996, par le président de la République, Farooq Ahmed Leghari, usant de ses pouvoirs constitutionnels comme le lui demandait l'opposition, Benazir Bhutto, subit l'année suivante une sévère défaite aux élections législatives; Muhammad Nawaz Sharif, chef de la Ligue musulmane qui enlève les trois quarts des sièges, devient le nouveau Premier ministre du pays. En 1998, Muhammad Rafiq Tarar, membre de la Ligue musulmane, succède à Farooq Ahmed Leghari, démissionnaire, à la tête de l'Etat. En 1999, la signature avec l'Inde, d'un accord historique pour réduire les risques de guerre nucléaire accidentelle entre les deux pays, n'a pas empêché les vieux antagonismes de resurgir, et les deux signataires de se livrer à une nouvelle surenchère d'essais nucléaires. L'année 1999 fut également marquée par le coup d'État organisé par la junte militaire, qui conduisit à la destitution du président Tarar et au renversement du gouvernement de Muhammad Nawaz Sharif. Dès son arrivée au pouvoir, le général Pervez Musharraf, devenu chef de l'exécutif, suspendit les Assemblées et proclama l'état d'urgence. Les conditions de vie de la population s'étant fortement dégradées sous le régime précédent, Musharraf mit en œuvre de nouvelles réformes structurelles destinées à favoriser le redressement de l'économie et à lutter contre la corruption. Outre une réforme fiscale, il s'employa ainsi à récupérer les fonds détournés par des politiciens et estimés à près de 50 milliards de dollars (56 milliards d'euros) par l'ONU. Nommé chef de l'Etat en juin 2001, Musharraf a clairement positionné le Pakistan du côté de la coalition anti-terroriste à la suite des attentats perpétrés contre les États-Unis en septembre et attribués au groupe extrémiste al-Qaeda d'Oussama Ben Laden.