Le territoire du Tadjikistan fit partie intégrante de l'Empire perse (VIe au IVe siècle av. J-C), macédonien (331 av. J-C), seldjoukide et bactrien (IIIe - IIe siècle av. J-C). Peuple turque de langue iranienne, les Tadjiks furent islamisés durant le VIIIe siècle ap. J-C, sous l'occupation arabe. Le territoire tadjik fut intégré dans les Empires mongols de Gengis khan et Tamerlan (XVIe-XIXe siècle). Pendant le XIXe siècle, le Tadjikistan est partagé entre l'émirat de Boukhara et le khanat de Kokand; en 1868, intervient l'annexion par la Russie. Après 1917, la partie septentrionale est intégrée à la RASS de Tadjikistan, à l'intérieur de la RASS d'Ouzbékistan. Après la séparation d'Ouzbékistan, en 1929, la RSS de Tadjikistan devient une des 11 républiques fédérées de l'URSS.
Après 1986, à l'intérieur du pays, se font sentir des tensions politiques entre le pouvoir et l'opposition, mais aussi entre les Tadjiks et les Ouzbeks. En 1989, le tadjik devient langue officielle et l'alphabet arabe remplace les caractères cyrilliques. En 1990, à Douchanbe, est adoptée la déclaration de souveraineté et en 1991 celle d'indépendance. En 1991, le Tadjikistan adhère à la CEI. La guerre civile entre les communistes et les islamistes (avec plus de 50.000 victimes et l'exode 100.000 russophones; des dizaines de milliers de réfugiés) ravage la société et l'économie. Les pourparlers engagés en 1994 entre le régime communiste et l'opposition islamiste en exil, aboutissent le 27 juin 1997, à la signature d'un accord de paix, qui prévoit un partage des portefeuilles et des élections législatives sous contrôle international. Cependant, en janvier 1998, l'opposition islamique conduite par Saïd Abdollah Nouri, qui reproche au gouvernement de Iakhio Nouriddinovitch Azimov de ne pas tenir ses engagements, se retire de la Commission de réconciliation nationale, créée à la suite de la signature de l'accord de paix. Des tentatives de rapprochement sont alors mises en œuvre par le président Emomali Charipovitch Rakhmonov qui s'engage à confier, dans le futur gouvernement d'union nationale, la place de numéro deux, au chef spirituel de l'opposition islamique, Akbar Touradjonzoda. À l'aube de l'année 1999, le pouvoir est donc confronté à une grave crise politique, aggravée par la reprise des affrontements (dans la région de Léninabad) entre les troupes anti-islamistes conduites par le colonel Mahmoud Khoudoberdiev et les forces gouvernementales, mais aussi à une corruption qui s'étend à l'ensemble des institutions, et à une croissance économique stagnante, à l'image du taux d'inflation qui n'est pas descendu en dessous de la barre des 40 % en 1998.